這篇文章並非 R Markdown 的教學文關於 R Markdown 的介紹有許多網路資源，繁體中文可參考此文 (http://www.learn-r-the-easy-way.tw/chapters/17)，英文資源可先從 bookdown (https://bookdown.org/yihui/bookdown) 下手。，而是一篇企圖說服讀者採用 R Markdown 作為寫作工具的文章。本文以 R Markdown 撰寫並使用 blogdown 輸出部落格文章。原始碼託管於 GitHubhttps://github.com/liao961120/collabin/tree/master/content/yongfu/write-in-rmd。
從第一次接觸 R Markdown 至今經過了一年又三個月。而最近六個多月，我都沒有使用過 Microsoft Word 寫東西，因為 R Markdown 強大的功能使我得以不用 Word 也能生存 – 我用 R Markdown 寫作業https://liao961120.github.io/notes/106-2/multivariate、文章https://github.com/liao961120/ling-rmd/blob/master/main.pdf、書https://liao961120.github.io/MVA、論文https://liao961120.github.io/ntuthesis和部落格 (本文)，製作筆記https://liao961120.github.io/notes/mylinux.html、投影片https://liao961120.github.io/slides/xaringan、甚至網頁https://twlangsurvey.github.io。事實上，這正是 R Markdown 最吸引人的地方：
用相同的語法撰寫各式類型的文件。
寫作的目的有一部分是要給人看，因此排版https://zh.wikipedia.org/wiki/排版自然而然就成為作者的工作之一。在文字普及後的絕大多數時間，排版僅需要考慮紙本印刷物。即使十幾年前電腦已十分盛行，排版軟體仍主要在解決紙本印刷物的排版問題。這本身不是個問題，但今日網路已成為主流的資訊傳播管道，網頁因而成為與紙本同等 (甚至更加) 重要的文字承載媒介。
這對文字工作者這裡對文字工作者的定義很廣，任何常寫文章的人都可算是文字工作者 (例如，學生) 。造成了新的負擔，因為兩種不同的文字承載媒介 – 紙本與網頁，在歷史上各自衍生出兩種設計邏輯十分迥異的排版系統， \(\TeX\)https://zh.wikipedia.org/wiki/TeX 以及 HTMLhttps://zh.wikipedia.org/wiki/HTML，而這兩種系統彼此是無法 (輕易) 相互轉換的 (例如，嘗試使用 Chrome 將網頁轉存成 PDF 時，你會發現一張圖片常被分割在不同頁面)。因此，今日的文字工作者在寫作前得先回答一個問題：
我的作品會活在網路上還是要印出來？
上一段內容或許對許多人來說相當陌生，因為我們都是用 Microsoft Word 長大的，根本不知道什麼是 \(\TeX\)。MS Word 和 \(\TeX\) 一樣，皆是以紙本排版為目的而設計，但 MS Word 不同於 \(\TeX\) 在於其為所見即所得https://zh.wikipedia.org/wiki/所見即所得 (What You See Is What You Get, WYSIWYG) 的排版軟體，讓使用者不須接觸到複雜的標記式語言https://zh.wikipedia.org/wiki/標記式語言 (Markup Language)排版是一件複雜的問題。試想，電腦要如何知道哪些字需要粗體、斜體、空行、縮排等等？標記式語言處理的就是這類問題：透過特殊字元標記出文字中需要特殊格式的地方。。但簡潔的使用界面需付出代價 – 複雜的檔案格式Word 檔 (.docx) 不是純文字檔案，只能用 Word 等複雜的軟體才能閱讀編輯，更不能直接於網頁中顯示。，因而較難進行檔案管理舉例來說，假設我的資料夾中有 200 份 Word 檔，我要如何找出其中哪幾份文件有出現特定字元，例如，「王小明」？
相較之下，如果這 200 份文件是純文字檔，要找出哪幾份文件中有出現「王小明」就非常簡單。在類 unix 的電腦上(如 Mac 或 Linux)，只需要打開 Command Line 輸入 grep -r '王小明' *.Rmd 就可找到這些檔案 (在 Windows 上也行，但指令可能不太一樣)。。
Figure 1: \(\TeX\) 排版系統
相較於所見即所得的排版軟體，所見即所思https://en.wikipedia.org/wiki/WYSIWYM (What You See Is What You Mean, WYSIWYM) 的系統如 \(\TeX\) 和 HTML 通常以純文字檔的形式儲存，再以編譯器輸出或以閱讀軟體 (瀏覽器即是 HTML 的閱讀軟體) 讓讀者看到最終的排版結果。這類系統少了 Word 難以管理的缺點，但卻有一個令許多使用者卻步的大缺點 – 太過複雜的標記式語言讓作者難以專注在寫作的內容，必須時時擔心排版問題。
Figure 2: 所見即所得 (WYSIWYG) vs. 所見即所思 (WYSIWYM)
面對過於複雜的標記式語言，John Gruberhttps://en.wikipedia.org/wiki/John_Gruber 發明了 Markdown 以避開撰寫網頁時過於複雜的 HTML 語法。Markdown 是一種容易學習、極為簡化的標記式語言。事實上，由於原始的 Markdown 語法過於簡單Markdown 的語法雖然簡單，但這並不代表其排版能力弱於 HTML，因為 Markdown 語法可與 HTML 混用。，造成許多衍生「風格」Markdown 的發明以擴充原本不足的語法。這也間接導致今日 Markdown 並非可通行 (portable) 於所有聲稱支援 Markdown 的平台。
Figure 3: Markdown 轉換成 HTML
Markdown 的出現使得所見即所思的排版方式不再如此地惡名昭彰，因為 Markdown 簡潔的語法使其極易閱讀(比較圖 3 最左與最右)。原本為了處理網頁排版而設計的 Markdown，也將目標擴展到了紙本媒介 (將 Markdown 轉換成 \(\TeX\) 再輸出成 PDF)，這大大增強了使用 Markdown 撰寫文件的動機：同一份文件能選擇輸出成適合「網頁瀏覽」或「紙本列印」的格式。
總結來說，Markdown 的出現使過去排版系統的問題出現了改善的契機：
| 所見即所得 | 所見即所思 | |
|---|---|---|
| 紙本 | MS Word | \(\TeX\), Markdown (近年目標) |
| 網頁 | 部落格文章撰寫後台 (e.g. WordPress, Medium) |
HTML, Markdown (初創目的) |
R Markdown，顧名思義就是 R 語言 + Markdown。Rhttps://zh.wikipedia.org/wiki/R語言 是一個統計計算的程式語言。你可能會好奇結合程式語言和 Markdown 的用途為何？R Markdown 最初發展的目的，有一部份與 R 語言強大的繪圖功能有關：
透過在 Markdown 文件中穿插「程式語言區塊 (code chunk) 」，可以讓程式語言執行的結果直接顯示於文件中。如此就不須手動將 (統計軟體跑出來的) 圖片插入文件中。
下方的是個簡單的例子，用 3 行 R 指令畫出著名的鳶尾花數據集https://zh.wikipedia.org/wiki/安德森鸢尾花卉数据集：
library(ggplot2)
ggplot(data = iris) +
geom_point(aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Width,
color = Species)
)
這項功能對從事數據分析或科學研究的使用者非常實用，因為它自動化了麻煩的事情。
但對於非 R 語言使用者，使用 R Markdown 有比較好嗎 (相對 Markdown 而言)？
一個程式語言 (包含套件擴充功能) 的發展與特色，很大部份與使用族群之組成相關。不同於其它多數程式語言，使用 R 語言的人，絕大多數都屬於使用者 (user) 而非開發者 (developer)。換言之，許多 R 使用者並沒有深厚的程式基礎，使用 R 的目的是為了 (快速) 解決當下問題，而非開發工具給其他人使用。
R 社群因此發展出非常友善的文化，而 R 許多套件的設計也預設使用者是沒有程式經驗的。例如，許多 R Markdown 相關套件 (e.g. shinyhttps://cran.r-project.org/web/packages/shiny, htmlwidgetshttps://cran.r-project.org/web/packages/htmlwidgets) 目的在於幫助不熟悉或完全不懂 HTML/CSS/JS 的使用者快速製作 (互動式) 網頁。此外，R 套件常將外部功能整合進 R 的世界，並且提供簡單易讀的說明文件，讓使用者省去自行研究的麻煩 – R Markdown 正是這樣的例子。
R Markdown 背後運作的關鍵是 Pandochttps://zh.wikipedia.org/wiki/Pandoc，一個用於不同標記式語言間格式轉換的工具。如上文所述，Markdown 原本被用作簡化的標記式語言來撰寫網頁，而 Pandoc 則是用來將 Markdown 轉換成 HTML 的 (其中一種) 工具。然而，Pandoc 不只能將 Markdown 轉換成 HTML。它也能將 Markdown 轉換成其它多種格式https://zh.wikipedia.org/wiki/Pandoc#Pandoc支持的标记语言格式，而其中最實用的就是前述以紙本媒介為目標的 \(\TeX\) 及 PDF。
透過 Pandoc 的加持，R Markdown 能輸出成多種格式。此外，也因為 Pandoc MarkdownPandoc 自行定義的 Markdown 語法，是市面上盛行的其中一種 Markdown「風格」。Pandoc Markdown 的特色在於其支援功能非常完整，例如，它除了大幅擴充原本的 Markdown 語法外，甚至還增加了插入文獻引用的功能 (如同 Endnote，自動處理文獻引用格式)。 的語法完整，R Markdown 能進行非常精緻的排版 (精緻到能輸出可直接送印出版的書籍https://yihui.name/en/2018/08/bookdown-crc/)。但 Pandoc 強大的功能卻反而讓它與沒有程式經驗的使用者絕緣，因為這些使用者不可能會去研究、下載、打開 Command Line 執行 Pandoc。R Markdown 將對於新手過於複雜的 Pandoc 隱藏起來，讓使用者透過 GUI 界面就能直覺地使用 Pandoc 的功能。
Figure 4: R Markdown 運作流程。先由 knitr 將 .Rmd 中的程式碼執行結果插入 .md (文件由 .Rmd 轉換為 .md)，再透過 Pandoc 將 .md 轉換成其它輸出格式。
對於非 R 語言使用者而言，R Markdown 有比 Markdown 好嗎？
我的答案是肯定的。R 社群的組成使得 R Markdown 致力於讓自己更易於使用。因此，縱使使用目的並非資料分析或科學研究這類「硬」功能，使用者仍能從 R Markdown 獲得許多好處：
美觀的預設樣式
Markdown 轉換成 HTML 後能在網頁上正常顯示，但要漂亮的顯示，需要額外的 CSS 裝飾。這對一般使用者來說是非常困難的 (誰懂 CSS 啊？)。R Markdown 內建許多相當美觀的輸出樣式 (Bootstraphttps://getbootstrap.com)，所以使用者不須去擔心 CSS 的問題。甚至對於更龜毛的使用者 (對所有內建樣式都不滿)，也可以安裝社群中其他人開發的樣式https://slides.yihui.name/2017-rstudio-conf-ext-rmd-Yihui-Xie.html#15。例如，你可以在這裡https://liao961120.github.io/notes/write-in-rmd/rmdformats.html看到本文透過 rmdformatshttps://github.com/juba/rmdformats 套件以 Read The Docshttps://docs.readthedocs.io 風格輸出的樣式。
統一的 Markdown 語法
文章前面提及，原始的 Markdown 因為語法過於簡化，導致各種「風格」 Markdown 語法的出現。例如，GitHub, Stack Overflow, Jekyll (靜態網頁產生器), Hugo (靜態網頁產生器) 等等所支援的 Markdown 在語法上都有些微差異。換句話說，使用者無法使用相同的 Markdown 語法橫行各個平台，需要記得不同平台支援哪些語法其中一種解決方法是只用最簡化的 Markdown (https://daringfireball.net/projects/markdown/syntax)。如果還需更複雜的排版，就使用 HTML tag。。
這個問題對於自行架設部落格的使用者可能是個問題，因為當其想換新的網頁模板時，可能使用不同的靜態網頁產生器 (例如，Jekyll → Hugo)，而原本以 Markdown 撰寫的文章在新的靜態網頁產生器可能會語法不相容。R Markdown 在此可以解決這個問題：透過 html_fragmenthttps://rmarkdown.rstudio.com/html_fragment_format.html 輸出格式，靜態網頁產生器能透過 R Markdown 輸出的 HTML，而不非語法不一的 Markdown，產生網頁。
程式語言支持
R Markdown 的另一個特色是程式語言的整合。即使不會寫程式，背後有程式語言支持的 R Markdown 仍能提供使用者非常方便的功能。R Markdown 支援使用特殊語法在文件內文插入變項，例如，我可以在文內插入 R 「回傳目前時間的函數」，自動顯示文件輸出時的時間：
上次更新：`r Sys.time()` 會輸出成：上次更新：2019-03-13 23:29:12
這個功能對於從事數據分析的使用者 (e.g. 寫統計學作業的學生) 非常方便。例如，他可以使用 p-value = `r pval` (pval 儲存先前計算出來的數值) 直接在內文插入 p-value，而不用在每次數據更新時 (例如發現之前資料有誤)，重新手動複製貼上數值。
強大的靠山
R 社群今日能如此活躍，有很大一部分是因為 RStudiohttps://www.rstudio.com/ 這家公司的推行。R 使用者用到的許多套件是由 RStudio 僱用的工程師專職開發的，因此，這些套件會持續的維護、更新、出現更強大的新功能。
R Markdown 的生態圈最主要的貢獻者 – Yihui Xiehttps://yihui.name 即是 RStudio 的工程師。在這些開發者的努力下，R Markdown 在這幾年功能越來越強大：涵蓋的範圍從簡單的文件、投影片、互動式網頁、學術期刊、書籍甚至到網站與部落格 (Xie, Allaire, and Grolemund 2018)。
以紙本印刷為主流的過去在今日留下許多痕跡。學術論文格式和印刷物排版的處理仍以 \(\LaTeX\) 和 \(\TeX\) 的功能最為齊全，但以 \(\LaTeX\) 撰寫而成的文件難以轉換為適合網頁閱讀的格式。至於另一個方向，以 HTML/CSS/JS 為基礎排版的網頁，有機會轉換成排版美觀、適合印刷的 PDF 格式嗎？
以目前資訊科技的發展來看，後者是比較可能的，畢竟網路科技是程式軟體開發的重要焦點，以網頁為媒介的文件只會越來越多；相對來說，\(\LaTeX\) 可能只剩學術界在使用，學術界本身更是缺乏人力去做這種吃力不討好的工作 (開發程式將 \(\LaTeX\) 轉換成 HTML)。
事實上，目前已有實際的專案在嘗試這件事。例如，網頁的 CSS 可定義 page mediahttps://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/CSS/Paged_Media，嘗試控制瀏覽器如何生成 PDF。另一個更有前景的專案是 R Markdown 生態圈裡的新套件 – pagedownhttps://github.com/rstudio/pagedown。pagedown 旨在直接生成以印刷為目的的 HTML 文件，而略過 R Markdown 透過 Pandoc 及 \(\LaTeX\) 生成 PDF 的歷程這是一個困難重重的過程，看見 \(\LaTeX\) 噴錯是一件驚心動魄的事。。你可以在這裡https://liao961120.github.io/notes/write-in-rmd/paged.html看看本文以 pagedown 輸出的樣式。我完全不需更動文章內容，只要使用不同的輸出指令，就能從部落格文章瞬間轉換成漂亮的紙本印刷物 (可用 chrome 列印 → 儲存成 PDF)。
因為歷史因素，現存兩種文字承載媒介 – 紙本和網頁。對多數人來說，必需在使用紙本或使用網頁發表之間抉擇。
排版軟體的兩種設計邏輯 – WYSIWYG vs. WYSIWYM，各自存在優缺點。WYSIWYG 使用起來直覺，但檔案管理不便；WYSIWYM 則語法複雜，但能作出十分精美之排版且檔案管理方便。
Markdown 結合了過去 WYSIWYG 和 WYSIWYM 的優點，也解決了兩者的缺點。同時，Markdown 也有潛力解決紙本發表與網頁發表之間的矛盾。
R Markdown 擴充 Markdown 語法使其能撰寫相當複雜的文件 (如期刊文章、書籍、網站等) 並結合程式語言的支持，自動化許多麻煩事，讓使用者能快速上手使用。
面對紙本 vs. 網頁，未來似乎向著以網頁為文字承載媒介主流的世界前進。而資訊科技的發展，使得紙本印刷之排版困難逐漸能被網頁技術解決。
I have a dream that one day all students and researchers will forget what “formatting a paper” even means. I have a dream that one day journals and grad schools no longer have style guides. I have a dream that one day no missing $ is inserted, and \hbox is never overfull.
— Yihui Xiehttps://twitter.com/xieyihui/status/1022873179532996609)
這段文字是 Yihui 的夢想，我想也是 R Markdown 的終極目標：讓文字工作者能專注在寫作內容，而將格式與排版等麻煩事交給 R Markdown。
這篇文章的想法源自下列資源。
Ginev, Deyan. 2017. “LaTeX Is Dead (Long Live LaTeX) Typesetting in the Digital Age.” Authorea. December 18, 2017. https://www.authorea.com/users/5713/articles/19359-latex-is-dead-long-live-latex-typesetting-in-the-digital-age/_show_article.
Peng, Roger. 2018. “Teaching R to New Users - from Tapply to the Tidyverse \(\cdot\) Simply Statistics.” Simply Statistics. July 12, 2018. https://simplystatistics.org/2018/07/12/use-r-keynote-2018/.
Xie, Yihui. 2018a. “The User-Developer Spectrum in the R Ecosystem.” Yihui Xie | 谢益辉. July 13, 2018. https://yihui.name/en/2018/07/user-developer/.
———. 2018b. “Write a Book with Bookdown and Publish with Chapman & Hall.” Yihui Xie | 谢益辉. August 6, 2018. https://yihui.name/en/2018/08/bookdown-crc/.
Xie, Yihui, JJ Allaire, and Garrett Grolemund. 2018. R Markdown: The Definitive Guide. CRC Press.